Ο Μανόλης Μαργαρίτης γεννήθηκε το 1959 στην Αθήνα από Απεραθίτες γονείς, το Νικολάο Ε. Μαργαρίτη και τη Μαρία Κ. Σαρρή, είναι το μικρότερο παιδί της πολύτεκνης οικογένειάς του και εκεί έζησε τα μαθητικά και φοιτητικά του χρόνια.
Είναι απόφοιτος της Φαρμακευτικής Σχολής Αθηνών και της Σχολής Εποπτών Δημόσιας Υγείας.
Η μεγάλη του αγάπη για τη Νάξο τον οδήγησε στην απόφαση να εγκαταλείψει την Πρωτεύουσα και την επαγγελματική του δράση σε αυτή και να ανοίξει φαρμακείο στη Χώρα Νάξου το 1987 που διατηρεί μέχρι και σήμερα.
Από το 1987 είναι παντρεμένος με τη ναξιώτισσα νηπιαγωγό Μήνα Ελευθερίου με την οποία έχουν τρία παιδιά, το Νικόλα που είναι επαγγελματίας, το Μιχάλη που είναι φοιτητής και την Παρασκευή που είναι μαθήτρια.
Η ενασχόλησή του με τα κοινά είναι συνεχής από τα μαθητικά του χρόνια και εργάζεται αδιάκοπα για την επίλυση των ζητημάτων που απασχολούν τους συμπολίτες του, την πρόοδο και την ανάπτυξη της Νάξου και των Μικρών Κυκλάδων.
Ανέπτυξε σημαντική πολιτιστική δράση ως Πρόεδρος του Συλλόγου Απεραθιτών Χώρας Νάξου από το 1995 ως το 1997 και είναι μέλος του Πολιτιστικού Οργανισμού Απεράθου Νάξου.
Με συνειδητοποιημένη κοινωνική ευαισθησία ασχολήθηκε ενεργά με τον αθλητισμό διατελώντας Πρόεδρος του Πανναξιακού Α.Ο.από 2005 εως το 2007, αλλά και τη δημόσια υγεία ως Αντιπρόεδρος της Ελληνικής Αντικαρκινικής Εταιρείας Κυκλάδων από το 2005 έως το 2010.
Είναι ενεργός συνδικαλιστής και αναδεικνύεται Πρόεδρος του Φαρμακευτικού Συλλόγου Κυκλάδων για δύο συνεχείς θητείες από το 2004 έως to 2010.
Στον τομέα της πολιτικής ασχολήθηκε ενεργά με τα θέματα Αυτοδιοίκησης και εκλέχτηκε επί δύο συνεχείς περιόδους από το 2002 έως το 2010 Νομαρχιακός Σύμβουλος Κυκλάδων.
Στις τελευταίες Αυτοδιοικητικές Εκλογές αναδείχτηκε Δήμαρχος Νάξου και Μικρών Κυκλάδων και ανέλαβε καθήκοντα από 01-01-2011.